A metodologia comercial de obtenção utiliza freqüentemente meios alcalinos para a transeterificação do óleo ou gordura, na presença de um álcool, produzindo ésteres metílicos de ácidos graxos e glicerol. Entretanto, esta metodologia apresenta alguns inconvenientes, como a dificuldade na recuperação do glicerol, o uso de catalisador alcalino que permanece no meio, o tratamento posterior dos efluentes alcalinos, a natureza fortemente energética do processo, a interferência dos ácidos graxos livres e a presença de água na reação.